De beek begint ten westen van Vries. Hier komen de kleinere beekjes Smeerveenscheloop en Benkoelenloop samen. Hij loopt langs Donderen, het Bongeveen en door Peize. De Beek mondt uit in het Peizerdiep, ten noordwesten van Peize.
Vroeger behoorde de Grote Masloot tot het stroomgebied van het Eelderdiep, maar tijdens de ruilverkaveling is besloten om een nieuwe geul te graven en de beek te laten uitmonden in het Peizerdiep.
